孫立人沒有想到，即便退居臺灣，蔣介石還是剛愎自用，而此時，初到臺灣的蔣介石面臨的最大壓力就是來自美國政府，敗退臺灣的蔣介石離不開美國人的支持，但是美國對于以蔣介石為首的國民政府卻已經失望透頂了，有意在臺扶植其他的勢力取而代之。

孫立人是美國人極力扶持的人物，也正是在這個背景下，留美親美的孫立人又被蔣介石籠絡了，并且賦予全面執掌臺灣的軍政防務大權，孫立人在這之間扮演著非常微妙的角色，但也由此埋下了禍根。1950年2月11日，麥克阿瑟從日本派專機到臺灣接孫立人赴日，據美國麥克阿瑟的檔案記錄，麥克阿瑟在與孫立人會談中，勉勵孫立人擔起保衛臺灣的責任，麥克阿瑟并承諾在必要時保證盡量給臺灣提供各種支援。

對于這次訪日，孫立人日后申辯是麥克阿瑟主動邀請他前往日本的，但顧維鈞在回憶錄中卻指出，恰恰是孫立人主動要求美國的共和黨參議員佛格森，替他安排了這次神秘的會晤。孫立人在蔣介石眼里確實不同于陳誠等于黃埔系的學生和跟了蔣介石多年的那些高官們，這些高官蔣介石可以絕對放心，這些人不可能被外方尤其是美方予以其他目的的重用，蔣介石不用擔心這個，但是對孫立人這樣的人，無論如何表示忠誠，蔣介石的擔心是不會放松的，正是蔣介石的不可不防，最后才有張學良第二的孫立人。